事実経過としては・・・
1)日本国内にPEがあるとされ国税サイドで法人税の決定処分
→2)納税者が都民税について納付し申告
→3)日独租税条約の相互協議の結果PEありとされPEに帰属する所得について再計算
→4)国税サイドで法人税の減額更正
→5)東京都が都民税の減額更正
という流れ。
争点は,それに伴う還付加算金の起算日の基準が,2)なのか(納税者の主張,第1審判決),5)なのか(東京都の主張,控訴審判決)。どちらにするかで,5億円もちがってくる。
最高裁は,地方税法の規定を趣旨に照らして読み込み,納税者の主張を認めた。その後,平成22年度税制改正は判決を追認し,2)を起算日の基準とした(地方税法17条の4第1項1号)。
今後は,相互協議の申し立て時に地方法人税を納付しておく,という実務になるか。
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