最高裁の違憲決定が平成25年9月4日に下された。これを受けて，同年9月5日以後の相続税の取扱いとして，
国税庁が次のアナウンスを行った（下線部は引用者による）。
平成25年9月4日付最高裁判所の決定（以下「違憲決定」といいます。）を受け、その趣旨を尊重し、平成25年9月5日以後、申告（期限内申告、期限後申告及び修正申告をいいます。）又は処分により相続税額を確定する場合（平成13年7月以後に開始された相続に限ります。）においては、「嫡出でない子の相続分は、嫡出である子の相続分の2分の1」とする民法第900条第4号ただし書前段（以下「嫡出に関する規定」といいます。）がないものとして民法第900条第4号の規定を適用した相続分に基づいて相続税額を計算します。
これは，最高裁が，民法９００条４号ただし書前段の規定が遅くとも平成１３年７月当時において憲法１４条１項に違反していたと判断したことを，尊重するものである。ただし，最高裁は，平成１３年７月当時から同決定までの間に開始された他の相続につき，民法９００条４号ただし書前段の規定を前提としてされた遺産分割審判等の裁判，遺産分割協議その他の合意等により
確定的なものとなった法律関係に影響を及ぼさないとしていた。このこととの関係で，次のような留意事項が付されている。
違憲決定では、嫡出に関する規定についての違憲判断が「確定的なものとなった法律関係に影響を及ぼすものでない」旨の判示がなされていることに鑑み、平成25年9月4日以前に、申告又は処分（以下「申告等」といいます。）により相続税額が確定している場合には、嫡出に関する規定を適用した相続分に基づいて相続税額の計算を行っていたとしても、相続税額の是正はできません。また、嫡出に関する規定を適用した相続分に基づいて、相続税額の計算を行っていることのみでは、更正の請求の事由には当たりません。
