事実経過としては・・・
１）日本国内にPEがあるとされ国税サイドで法人税の決定処分
→２）納税者が都民税について納付し申告
→３）日独租税条約の相互協議の結果PEありとされPEに帰属する所得について再計算
→４）国税サイドで法人税の減額更正
→５）東京都が都民税の減額更正
という流れ。
争点は，それに伴う還付加算金の起算日の基準が，２）なのか（納税者の主張，第１審判決），５）なのか（東京都の主張，控訴審判決）。どちらにするかで，５億円もちがってくる。
最高裁は，地方税法の規定を趣旨に照らして読み込み，納税者の主張を認めた。その後，平成２２年度税制改正は判決を追認し，２）を起算日の基準とした（地方税法１７条の４第１項１号）。
今後は，相互協議の申し立て時に地方法人税を納付しておく，という実務になるか。
